Khoảng 500 nam giới và nữ giới Zanzibar thương vong trong lúc bắn phá, hầu hết thiệt mạng do lửa nhấn chìm cung điện.[1][2] Không rõ có bao nhiêu người chịu thương vong tham gia chiến đấu, song đội súng của Khalid được thuật là "mất một phần mười".[38] Thương vong của người Anh là một hạ sĩ quan trọng thương trên tàu Thrush và sau đó phục hồi.[1] Mặc dù phần lớn thị dân Zanzibar đứng về phía người Anh, song khu phố của người Ấn Độ bị lợi dụng thời cơ cướp phá và khoảng 20 dân cư thiệt mạng trong hỗn loạn.[39] Nhằm khôi phục trật tự, 150 binh sĩ người Sikh của Anh Quốc chuyển đến từ Mombasa nhằm tuần tra các đường phố.[36] Thủy thủ từ St George và Philomel vào bờ để hình thành một lữ đoàn cứu hỏa nhằm ngăn chặn hỏa hoạn lan từ cung điện sang nhà hải quan lân cận.[40] Có một số lo ngại về việc hỏa hoạn tại nhà hải quan do chúng có chứa một lượng lớn chất nổ, song không có vụ nổ xảy ra.[38]

Quốc vương Khalid, Đại úy Saleh và khoảng 40 tùy tòng tìm cách tị nạn tại lãnh sự quán Đức sau khi bỏ chạy khỏi cung điện,[38][41] tại đây họ dược mười thủy chủ và thủy quân lục chiến có vũ trang của Đức bảo vệ, trong khi Lloyd Mathews bố trí binh sĩ bên ngoài để bắt họ nếu họ cố gắng rời đi.[42] Bất chấp yêu cầu dẫn độ, lãnh sự Đức từ chối giao nộp Khalid cho Anh Quốc do hiệp định dẫn độ của Đức với Anh Quốc đặc biệt loại trừ tù nhân chính trị.[36] Thay vào đó, lãnh sự Đức hứa đưa Khalid đến Đông Phi thuộc Đức khiến nhân vật này không còn được đặt chân lên đất Zanzibar. Vào 10:00 ngày 2 tháng 10, SMS Seeadler của Hải quân Đức đến cảng; khi triều cao, một tàu của Seeadler đến cổng vườn của lãnh sự quán và Khalid bước thẳng từ khu đất của lãnh sự quán đến một chiến hạm Đức và do đó không bị bắt giữ.[42] Ông được chuyển từ tàu lên Seeadler và sau đó được đưa đến Dar es Salaam tại Đông Phi thuộc Đức.[43] Năm 1916, trong Chiến dịch Đông Phi thuộc Chiến tranh thế giới thứ nhất, Khalid bị quân Anh bắt, và bị đày đến Seychelles và Saint Helena trước khi được phép trở về Đông Phi, rồi từ trần tại Mombasa vào năm 1927.[44] Anh Quốc trừng phạt những người ủng hộ Khalid bằng cách buộc họ phải trả tiền bồi thường để trang trải cho chi phí đạn pháo dùng để bắn vào họ và thiệt hại do cướp bóc, ước tính 300.000 rupee.[36]

Quốc vương Hamud trung thành với người Anh và hành động giống như một bù nhìn của một chính phủ về bản chất do người Anh vận hành, vương quốc chỉ được duy trì nhằm tránh chi phí liên quan đến vận hành Zanzibar trực tiếp như một thuộc địa vương thất.[36] Vài tháng sau chiến tranh, với sự thúc giục của người Anh, Hamud bãi bỏ chế độ nô lệ dưới mọi hình thức.[36] Giải phóng nô lệ yêu cầu họ trình diện bản thân đến một văn phòng chính phủ và tỏ ra là một quá trình chậm chạp—trong vòng mười năm chỉ có 17.293 nô lệ được tự do, so với số lượng ước tính là 60.000 vào năm 1891.[45]

Tổ hợp cung điện bị hư hại nặng và bị biến đổi hoàn toàn sau chiến tranh. Hậu cung, đăng tháp và vương cung bị phá hủy do bắn pháo và không còn an toàn.[39] Địa điểm vương cung trở thành một khu vực công viên trong khi một cung điện mới được dựng trên điểm hậu cung.[7][46] House of Wonders hầu như không bị hư hại và sau đó trở thành văn phòng chính cho những nhà cầm quyền người Anh.[38][47] Khi tiến hành cải tạo House of Wonders vào năm 1897, một tháp đồng hồ được dựng ở phía trước nhằm thay thế đăng tháp bị phá hủy trong khi bắn pháo.[46] Glasgow bị chìm vẫn nằm ở cảng phía trước cung điện, vẫn nhìn thấy cột buồm trong vài năm sau đó, và hoàn toàn bị đập vỡ lấy phế liệu vào năm 1912.[48]

Có lẽ do thể hiện ấn tượng của Hải quân Hoàng gia Anh trong khi pháo kích, không còn có cuộc nổi dậy nào nữa nhằm chống lại ảnh hưởng của Anh Quốc trong 67 năm còn lại của chế độ bảo hộ.[49]